Aunque la tradición sitúa la fundación de la iglesia en 1490, el documento de este hecho data del 21 de diciembre de 1491 y no se levantó utilizando una de las mezquitas de la ciudad, sino completamente nueva desde los cimientos dejando la Reina Católica en su testamento la considerable cantidad de 100.000 maravedíes legados a título de limosna para su construcción, cantidad que no pudo hacerse efectiva hasta 1515. La parroquia fue erigida en 1.505 por el arzobispo de Sevilla, D. Diego de Deza.
Pero fue en el siglo XVIII cuando tuvo lugar su gran transformación y prácticamente hasta el último cuarto del siglo las obras son continuas. La sencilla estructura de la iglesia, que se había ido alterando por la adición de capillas, recibió algunas más en este siglo. Pronto comenzaron a surgir los problemas. Las obras no se ejecutan desde una idea de conjunto engarzándose entre sí los distintos elementos y reforzando los comunes, sino que se fueron produciendo como adiciones tras adiciones, lo que provocó que los elementos sustentadores más antiguos no soportasen el mayor peso añadido, especialmente la nave, constituyendo esto una de las causas de la ruina posterior del templo. En 1930 se decidió apuntalar los elementos ruinosos, construyéndose de nueva base, entre otras actuaciones, el primer pilar de debajo del coro.
A partir de 1938 comenzó el período de restauración con la sustitución de los pilares inmediatamente posteriores a los del arco toral por otros nuevos de ladrillo, y para los que fue conservada la cimentación de los antiguos. El periodo más importante es el de 1942-45 que es cuando se realizan las obras de reparación del pilar derecho del arco toral y de la decoración de la iglesia, afectando esta última únicamente a la parte de la cabecera, ya que el resto de la iglesia quedó sin terminar por carencia de medios económicos. Las obras de reparación del pilar cedido, que sostenía el arco toral, consistieron en rodear al cimiento de dicho pilar, que era una zapata de 17 pilotes, cuyas cabezas se hicieron solidarias a aquella. Fue, al parecer, en esta ocasión cuando se utilizó por primera vez en Málaga la cimentación a base de pilotes
En el periodo de los años 1999-2001 se realizó una restauración de la iglesia, centrada en la cubierta sobre el crucero y la nave central, para ello se ejecutó una nueva sobrecubierta de estructura metálica, de la que se colgó el artesonado, ejecutándose de estructura metálica el crucero. La bóveda de la nave central, se aseguró colgándola de una estructura de hormigón y acero.
Tras esta intervención se aseguró la impermeabilización de una parte importante del templo, aunque seguía siendo necesaria una obra de más envergadura.
Entre 2006-2007 son reparadas el resto de la cubierta y fachada, dentro del convenio marco entre la Consejería de Cultura de la Junta de Andalucía y el Obispado de Málaga, en las que también intervino económicamente el Ayuntamiento de Málaga.
Continúan realizándose, ya en fase de terminación, los trabajos de rehabilitación del interior destinados a frenar y reparar el estado de deterioro que presenta los revestimientos de muros, bóvedas y suelos, afectados por la humedad, así como el de dotar al edificio de una nueva solería acorde con el valor patrimonial del inmueble, y una instalación de electricidad que cumpla la normativa vigente, iluminación, seguridad y megafonía.
Justo al inicio de los trabajos el pasado año 2020 se declaró el estado de alarma debido a la pandemia, por lo que los trabajos tuvieron que ser paralizados durante un mes. En el momento actual, con el avance hacia la solución definitiva de la pandemia, se espera finalizar los trabajos a finales del año de 2021.
La inversión total inicial de las obras asciende a 1.059.352,23 euros, colaborando el ayuntamiento de Málaga mediante convenio suscrito con la Oficina de Rehabilitación Urbana del Instituto Municipal de la Vivienda con 503.775,83 euros.
