Construida entre 1672 y 1683 por Fray Pedro del Espíritu Santo, destaca por sus grandes dimensiones, característica común a numerosas iglesias en Antequera.
El templo es de planta de cruz latina con naves laterales, estrechas y bajas, que en la práctica hacen la función de capillas. La altura de la nave central, crucero y altar es considerable, lo que, unido a la sobriedad de la decoración, donde predomina un molduraje mixtilíneo, confiere a este espacio una gran magnificencia, que se articula mediante arcos de medio punto entre pilastras cajeadas. Sobre cada arco se sitúa un gran lienzo, rematando un friso de triglifos y metopas. El cierre se realiza mediante bóveda semicircular con arcos fajones y lunetos con vanos. En las naves laterales la cubrición se hizo individualizada por cada capilla: con bóveda semiesféricas, de gajos y de arista, algunas con linternas. En el crucero, sus brazos y el altar, la decoración adquiere un mayor desarrollo, perimetrándose con un ancho entablamento de doble ménsula.
Así, el crucero se cubre con una gran cúpula semiesférica de ocho gajos separados por simuladas pilastras cajeadas sobre pedestal. Las pechinas se decoran con motivos heráldicos. En los testeros planos del crucero destacan las dos espléndidas portadas de yeserías. El altar también posee testero plano y el retablo actual fue realizado, tras el incendio que sufrió la iglesia en 1935, por Francisco Palma García y realizado por sus hijos. En este incendio desaparecieron, no solo el retablo mayor, obra de 1783 y diseño de José Martín de Aldehuela, sino también los colaterales del crucero, además de esculturas, pinturas de gran valor y la caja del órgano.
Tanto en el lado del Evangelio como en el de la Epístola existen interesantes retablos barrocos dorados de una sola hornacina, conservándose en el conjunto del templo diversas esculturas de los siglos XVII, XVIII y XIX. A los pies del mismo se extiende un coro de gran superficie y balaustrada mixtilínea típicamente dieciochesca.
Perteneciendo el convento a la Orden de la Santísima Trinidad, la Iglesia pasó a ser propiedad del Obispado de Málaga después de la desamortización de 1835.
En el año 2010, fueron rehabilitadas las cubiertas por el Obispado de Málaga, y en 2011 fue rehabilitada la fachada principal y la espadaña mediante un convenio entre el Ayuntamiento de Antequera y el Obispado de Málaga, siendo ejecutadas las obras, quedando pendiente el arreglo completo de la fachada de la avenida de la Cruz Blanca.
Esta fachada se asienta sobre una fábrica de sillares de piedra del Torcal, sobre el que se levanta un muro realizado en aparejo de tipo toledano con elaborado mediante una fábrica mixta de cajones de mampostería (revocada con cal) entre hiladas de ladrillos.
La fachada en general presenta el deterioro lógico del devenir de los años, suciedad, desprendimiento de revoco de los sillares de mampostería, suciedad en los sillares de arranque por la polución del tráfico rodado y el salpiqueo del agua proveniente de la cubierta de la iglesia, así como, en el tramo correspondiente al convento, de humedades en cornisa y por pérdidas en bajante que provienen de la cubierta existente, en la elevación de planta realizada a principio del siglo XX en la parte norte.
La intervención que se está realizando consiste en la limpieza y consolidación de los paramentos, reintegración de morteros en paños y juntas de ladrillo, reparación de fisuras y pintura de carpinterías y cerrajerías.
El importe de las obras asciende a 75.612,90 euros, aportando la Orden de la Santísima Trinidad (PP. Trinitarios) 30.000 euros y el resto el Obispado de Málaga.
