Sus orígenes arrancan en el año 1487. En ese año el rey Fernando el Católico instaló en el mismo lugar su campamento hasta conquistar la ciudad el 18 de agosto. La imagen de Santa María de la Victoria ya se encontraba por estas fechas junto al monarca y su autoría es una incógnita; la tradición cuenta que el Emperador Maximiliano de Austria fue quien regaló el icono a los Reyes Católicos. Durante el cerco a la ciudad de Málaga, unos frailes de la Orden Mínima llegaron para entregar una carta de su fundador, san Francisco de Paula, en la que pedían permiso para abrir conventos de la orden en España. El rey aplazó la concesión del permiso hasta la finalización de la reconquista y la toma de Málaga fue achacada a la intervención de la Virgen, que desde entonces recibe la advocación de Santa María de la Victoria, inscripción grabada en la base de la propia imagen. El ermitaño fray Bartolomé Coloma quedó al cuidado de la Real Capilla donde recibía culto la imagen de la Virgen de la Victoria.