La Diócesis de Málaga -malacitana o malaginense-, hunde sus raíces conocidas en el siglo IV, a raíz del Concilio celebrado en Ilíberis, ciudad entonces muy importante de la Bética, cerca de la actual Granada, el 15 de mayo sobre el año 300, o poco después. En sus actas aparecen las firmas de Patricio (San Patricio), Obispo de Málaga, y los presbíteros Felicísimo de Teba, León de Ronda la Vieja y Januario de Álora o Alhaurín.
A principios del siglo VII, sufragánea del Metropolitano de Sevilla, consta la división eclesiástica de la España goda, realizada por el rey Wamba: «Ex Wambae regis limitibus. Metropolis Ispali subditae: Italica (Santiponce), Assidona (Cadiz), Elepla (Niebla), Malaga (Málaga), Elberris (Granada), Astigi (Ecija), Corduba (Córdoba), Egabro (Cabra) & Tuccis (Martos)». Y añade los límites diocesanos, «Malaga teneat de Data usque Malcocam, de Fenna usque Sedes Campo».
En la segunda mitad del siglo VII, en el Concilio XIII de Toledo, se hace una verificación de la división de las diócesis y aparece por Málaga «Calumniosus Diaconus, agens vicem Samuelis Malacitani Ep». En esta época goda hay seis obispos, desde el año 578 al 711.
Dominación árabe
Durante la dominación árabe, del 838 al 1487, sólo aparecen nueve obispos, algunos de ellos titulares, auxiliares de Sevilla y al cargo de este territorio de misión. La lista de los mismos durante la dominación árabe aparece con fechas muy espaciadas y termina con D. Rodrigo de Soria quien falleció unos días antes de ver su Diócesis liberada.
La reconquista
Conquistada Málaga el 18 de agosto de 1487, queda encargado de reorganizar la Diócesis D. Juan Bermúdez, Deán de Canarias, mientras llega el primer Obispo, D. Pedro Díaz de Toledo y Ovalle. Los Reyes disponían de todo lo necesario para el ordenamiento de las ciudades, durante el asedio, e incluso se preparaba todo lo necesario para el comienzo del culto.
Tras la toma de Granada, se reorganizó de forma definitiva todo el territorio nacional y se hizo una nueva estructuración eclesiástica. Málaga recuperó los territorios de su Diócesis reconquistados antes que la sede episcopal y que venían siendo administrados por Sevilla. Posteriormente pasó a formar parte de la Archidiócesis de Granada y del Real Patronato de Granada.
Durante siglos, la Diócesis comprende las tierras de la jurisdicción de Málaga, a excepción de Alameda y el arciprestazgo de Campillos, que estaban en poder de Sevilla y Villanueva de Tapia, bajo la jurisdicción de Córdoba que pasaron a Málaga por el Decreto, “Hispalensis-Cordubensis et aliarum” de 30 de abril de 1958; sin embargo, tenía agregados los pueblos de los arciprestazgos de Olvera y Grazalema, de la jurisdicción de Cádiz que pasaron a Sevilla por el mencionado Decreto. El año anterior Zafarraya y Ventas de Zafarraya que estaban agregadas a Málaga pasaron a Granada a donde correspondían territorialmente por el Decreto “Almeriensis-Granatensis et aliarum” de noviembre de 1957. De esta manera se ajustaron los términos diocesanos a los provinciales, más la Ciudad Autónoma de Melilla.
Historia contemporánea
En la historia contemporánea de la Diócesis sobresale la figura del Obispo San Manuel González García, llegado a Málaga el 7 de diciembre de 1915, como Auxiliar de D. Juan Muñoz Herrera. Al hacerse cargo de la Diócesis, el 15 de agosto de 1920, le imprimió un estilo renovador, que sin olvidar ni minusvalorar la labor de sus antecesores, aportó logros que todavía duran. Convencido de que el Seminario es el verdadero motor y aún el corazón de la Diócesis, quiso levantar un nuevo edificio. Se inauguró el curso 1924-25, aún sin concluir, y es en este nuevo Seminario en el que se preparan aún hoy los sacerdotes para la Málaga del futuro. Vacante la sede malacitana por cese de D. Manuel González, fue denominado para ocuparla D. Balbino Santos Olivera, leonés, el 5 de agosto del año de 1935. Antes de un año, un gran número de sus sacerdotes, de sus seminaristas y muchos fieles recibieron la corona del martirio por el mero hecho de ser fieles al Evangelio. Más de 2.000 creyentes murieron también, víctimas de la violencia intolerante, y los cuerpos de muchos de ellos descansan en una capilla de la Santa Iglesia Catedral. D. Balbino tuvo que reconstruir la diócesis y entre sus creaciones hay que significar la creación de 46 parroquias en zonas rurales, la reconstrucción de las iglesias arruinadas en la década de 1930 y la ampliación del Seminario.
El 12 de octubre de 1947 llegó Ángel Herrera Oria que fue nombrado obispo de Málaga en la primavera de dicho año. Entre otras obras llevadas a cabo con verdadero celo pastoral, sembró por toda su diócesis las famosas escuelas rurales (250 en las que se enseñó a 25.000 analfabetos) y proyectó la mirada de la diócesis hacia el mundo misionero, sembrando la inquietud espiritual trascendente en el clero. Creó una Escuela Sacerdotal, con la idea de preparar en ella sacerdotes que se dedicaran a la acción social. Erigió parroquias nuevas, puso en marcha numerosos centros sociales y colegios, hizo una gigantesca promoción de la vida religiosa y litúrgica, y supo implicar a los seglares creyentes en la colaboración a las diversas obras diocesanas. Aún bajo el episcopado de D. Ángel Herrera, fue nombrado obispo auxiliar D. Antonio Añoveros y Ataun, el año 1952. Le sustituyó D. Emilio Benavent y Escuin, nombrado obispo auxiliar de la diócesis en 1954. En 1960 fue designado obispo coadjutor. Seis años más tarde, sustituyó, como administrador apostólico, a Monseñor Herrera Oria, que había sido nombrado cardenal por Pablo VI el 25 de enero de 1965.
En 1970 ocupó la sede malacitana D. Ángel Suquía, que fue trasladado al Arzobispado de Santiago el 13 de abril de 1973.
El 14 de abril de 1973, Su Santidad Pablo VI nombró obispo de Málaga a D. Ramón Buxarráis Ventura. Aquí desarrolló su labor apostólica, intensificando las líneas de la piedad cristiana y preocupándose de la caridad social a través de Cáritas. Conocedor por propia vivencia de las necesidades espirituales de los países Ibero-Americanos, consiguió enviar sacerdotes a algunas zonas de misión y así, la Diócesis de Málaga hizo suya la tarea evangelizadora y el compromiso formal de trabajar en el distrito venezolano de Caicara del Orinoco. Renunció a la mitra de Málaga en el verano de 1991. Ejerció su acción misionera en la ciudad de Melilla, donde es muy querido, y actualmente reside en Málaga.
Tras la dimisión de D. Ramón Buxarráis, D. Fernando Sebastián y Aguilar fue nombrado Arzobispo-Administrador Apostólico del Obispado de Málaga. Inició la campaña “Templos para la Málaga del futuro”, con la que se pretendió dotar de complejos parroquiales apropiados a las nuevas barriadas de expansión de la capital y a las ciudades de la costa. Su apoyo constante al Seminario llevó a la consolidación y remodelación de los edificios del mismo y supuso un crecido estímulo para la pastoral vocacional. Tras su jubilación, residió en Málaga hasta su muerte, el 24 de enero de 2019, a los 89 años de edad.
El 26 de marzo de 1993, el Papa Juan Pablo II nombró obispo de Málaga a D. Antonio Dorado Soto. Entre otras tareas pastorales, destacó la continuación de la campaña “Templos para la Málaga del futuro” y la inauguración de la Casa Sacerdotal que había comenzado su antecesor, así como la creación del Instituto Superior de Ciencias Religiosas San Pablo -que sustituyó al antiguo Centro de Teología-. El Instituto San Pablo es un centro patrocinado por la entonces Facultad de Teología de Granada, actual Facultad de Teología de la Universidad Loyola, en el que se puede cursar Bachillerato y Licenciatura en Ciencias Religiosas. Tras unos años de preparación sobre todo por lo que se refiere a la formación del profesorado, el 7 de noviembre de 2017 fue aprobada la creación del Centro Superior de Estudios Teológicos San Pablo. En esta ocasión se trata de un Centro Agregado a la Facultad de Teología de la Universidad Loyola. En él se puede estudiar Bachillerato en Teología y Licenciatura en Teología Fundamental. En este nuevo centro, que abrió sus puertas en el curso 2018-2019, realizan actualmente estudios más de 100 personas, entre seglares, religiosos y seminaristas.
Al cumplir los 75 años de edad, D. Antonio Dorado presenta al Santo Padre la carta de dimisión como Obispo, siguiendo la recomendación del Código de Derecho Canónico.
El 10 de octubre de 2008 es conocido el nombramiento como Obispo de Málaga de D. Jesús Catalá, quedando D. Antonio como Obispo Emérito y Obispo Administrador Apostólico hasta la toma de posesión de D. Jesús, el 13 de diciembre de 2008. Fallece el 18 de marzo de 2015 y sus restos reposan en la Capilla de la Encarnación de la Santa Iglesia Catedral de Málaga.
El 13 de diciembre de 2008 D. Jesús Catalá Ibáñez tomó posesión como Obispo de Málaga.
