La fundación del Seminario de Málaga se remonta al año 1587, cuando el entonces obispo de la diócesis, D. Luis García de Haro, gestionó para ello el beneplácito del rey Felipe II. Dos meses más tarde de la muerte del obispo, ocurrida el 14 de agosto de 1597, el príncipe D. Carlos, en nombre de su padre Felipe II, firmaba la Real Cédula de erección del Seminario Malacitano.
Tras consultar al Cabildo, se decidió habilitar una casa situada entre el huerto del Sagrario y la Catedral, y en 1600, con el obispo D. Tomás de Borja (hermano de San Francisco de Borja), se terminaron las obras y abrió sus puertas el Colegio-Seminario.
El rey Carlos IV, en 1779, le concedió el título de «Conciliar» y la incorporación a la Universidad de Granada, con capacidad de conceder grados en Filosofía y Teología.
En 1819, el obispo D. Alonso Cañedo y Vigil compró una casa contigua al Palacio Episcopal, por calle Santa María, donde trasladó el Seminario.
El 28 de mayo de 1863, el obispo D. Juan Nepomuceno Cascallana y Ordóñez adquirió un edificio en la calle San Agustín, al que trasladó el Seminario Menor.
Merecen especial atención las reformas llevadas a cabo en 1881, siendo obispo D. Manuel Gómez-Salazar y Lucio-Villegas: se ampliaron considerablemente las diversas dependencias, se incorporó nuevo material de enseñanza, se mejoró la biblioteca y se reformaron los estudios.
En 1896, D. Juan Muñoz Herrera autoriza el establecimiento de Preceptorías de Latín y Humanidades en las capitales de arciprestazgos como escuelas preparatorias de ingreso al Seminario.
Al tomar posesión de la diócesis en 1920 el hoy ya beato D. Manuel González García, se hizo cargo con especial empeño de la situación del Seminario: «…estrechas estancias, pisos elevados, patios sombríos, paredes y suelos siempre mojados de humedad y jamás visitados por el sol, clases iluminadas con luz artificial en pleno día…, el constante y ensordecedor ruido producido por el martillo de varios marmolistas y zapateros establecidos en la calle a que da la fachada principal, la bullanguera música de todos los pianillos callejeros que nunca faltan con su obligado cortejo de cantores y bailadores improvisados, el griterío…». Todo ello hacía difícil la vida de recogimiento y estudio.
«Por eso me metí en la locura (así la llamaban no pocos amigos cuerdos) de levantar lo que, mientras fue mi sueño, llamé «Mi Seminario», y cuando fue realidad, «El Seminario del Corazón Eucarístico de Jesús», cuya primera piedra se colocó solemnemente el 16 de Mayo de 1920, en unos montes cercanos a la ciudad, con arquitectura «a la andaluza», puesto que para Andalucía es, con mucho aire, sol, cal blanca, azulejos y sobre todo mucho gráfico. Que, desde el primer grano de tierra de la puerta hasta el remate de la veleta, todo enseñe gráficamente a conocer y amar a Jesús Sacramentado».
El nuevo edificio abrió sus puertas el curso 1924-25 bajo la dirección de los Misioneros Eucarísticos Diocesanos, en sustitución de los Operarios Diocesanos, que lo habían regentado desde 1904.
