Se trata de una iglesia rupestre de época mozárabe, construida en torno a los siglos IX y X. Es la única iglesia de origen mozárabe que se conoce en lo que fueron las tierras de Al-Ándalus.
Probablemente construida por Ben Hafsun tras su conversión al cristianismo, en torno al año 917. Se cree que se trataba de una construcción formada por una planta basilical con tres naves, más alta la central que las laterales, separadas por arquerías de herradura sobre pilares y con cubiertas planas en madera, toda ella excavada en la roca y anexa a un complejo eremítico conventual.
Como afirma la Diputación de Málaga «este conjunto arqueológico fue descubierto por F.J. Simonet en 1869 y excavado por G. de Mergelina en 1927. Bobastro fue la ciudad que construyó Omar ibn Hafsún en un lugar inexpugnable como centro de operaciones en su lucha contra el emirato de Córdoba. Aunque el templo es la parte más conocida y quizá la más espectacular, el yacimiento ocupa lo que es todo el entorno de “las mesas de Villaverde”, como se conoce este lugar. El yacimiento engloba el templo rupestre y una pequeña cantera situada junto a éste, todo ubicado en el lugar donde se encuentra el templo. Tanto por su ubicación como por sus peculiaridades e interés turístico e histórico, el conjunto está considerado Bien de Interés Cultural, BIC».