Durante el pontificado de Pablo VI, los ataques a la religión y a la moral fueron numerosos y lo peor es que procedían de ambientes cristianos. Por esta razón, la actividad magisterial del Papa ofrece una diversidad y riqueza manifestada en sus encíclicas, discursos y documentos, a veces muy contestados en ambientes católicos.
En lo dogmático, aparece su primera encíclica: “Ecclesiam suam”, en la que se manifiesta la labor extraordinaria de la misión presbiteral y se exponen los tres caminos a recorrer: el espiritual, el moral y el apostólico. Un año después publica la encíclica “Mysterium fidei” sobre la Eucaristía. De gran interés fue el “Credo del Pueblo de Dios”, clara exposición de la fe cristiana en el ámbito de la Iglesia Católica.
En lo moral, lo más significativo fue la publicación de la “Humanae vitae” sobre la regulación de la natalidad. Subraya la importancia del amor conyugal y de la paternidad responsable, de la recta razón ante el instinto. En esta encíclica, el Papa expone la licitud o ilicitud de ciertos métodos contraconceptivos. Esta encíclica generó el disgusto y a veces el rechazo de ciertos ambientes cristianos. Documento de importancia fue sobre la “Persona humana” condenando la teoría de la opción fundamental.
Pablo VI profesó siempre una gran devoción a la Virgen y le dedicó un bello documento como fue la “Marialis cultus”, referente al culto a la Virgen María a través de la liturgia.
Preocupado por la evangelización del mundo que vivimos, publicó la exhortación apostólica “Evangelii nuntiandi” sobre el mundo misionero.
El problema social fue también un objetivo primordial en el magisterio de Pablo VI. Sus encíclicas “Populorum progressio” y “Octogesima adveniens” son buena prueba de ello. En ellas el Papa clama contra las desigualdades sociales, el desequilibrio de las naciones y expone los nuevos problemas como la emigración, la ecología… Y, sobre todo, defiende el concepto de la “civilización del amor”.