La omnipresencia de lo digital, la pandemia de la Covid-19 o el acompañamiento a las víctimas de abusos han sido retos que la Iglesia de Málaga ha afrontado durante su episcopado.
En un mundo en continuo desarrollo tecnológico, D. Jesús ha apostado por el uso de los medios digitales para la vida de la Iglesia y la evangelización. En este sentido, ha defendido la presencia de la diócesis en el continente digital.
Durante su episcopado, abordó situaciones difíciles, como la provocada por la Covid-19. La Iglesia de Málaga reaccionó rápido con la implementación de medidas para continuar la vida pastoral, incluyendo transmisiones en línea de la Misa desde distintas parroquias y la continuidad de la oferta formativa de los centros de enseñanza y formación por medios digitales. En una carta pastoral escrita ante esta situación extraordinaria, dijo: «la pandemia está siendo una ocasión nueva para preocuparnos del hermano débil y necesitado, del enfermo, del anciano. El mismo virus nos está demostrando que no entiende de fronteras».
Ante la existencia de casos de abusos en el seno eclesial, la Diócesis ha creado una Oficina para la recepción de las denuncias y acompañamiento de las víctimas de posibles abusos sexuales, y un protocolo de prevención.
Asimismo, puso en marcha las oficinas de Transparencia y Sostenimiento de la Iglesia Diocesana y reformó los criterios de ordenamiento económico diocesanos.
