Fallecía en Granada, su tierra natal, el 12 de febrero de 1993. Tenía 81 años y durante 17 había pastoreado la Iglesia de Jaén. De carácter afable y cercano, Don Miguel Peinado Peinado, el Obispo Don Miguel, se le consideró el «Pastor bueno», el hombre que terminó por imprimir, en la Diócesis, la impronta del Concilio Vaticano II y que vivió el proceso de la Transición democrática como Obispo del Santo Reino.
En el vigesimoquinto aniversario de su partida hacia la Casa del Padre, la Iglesia diocesana de Jaén le rendía un emotivo homenaje en la Catedral, templo en el que durante todo su ministerio, cada domingo, a las 10 de la mañana, oficiaba Misa.
Medio centenar de sacerdotes de toda la Diócesis participaban en el funeral por el sufragio por el alma de Don Miguel Peinado. Una Eucaristía presidia por el Obispo Don Amadeo, con la presencia del Obispo emérito de Cádiz- Ceuta, D. Antonio Ceballos y concelebrada, también, por D. Miguel Peinado, sacerdote diocesano de Granada y sobrino del Obispo.
Homilía
Durante su homilía, el Prelado jiennense, Don Amadeo Rodríguez Magro ensalzó la figura apostólica de su antecesor, y califico el ministerio de Monseñor Peinado como «muy fecundo». «Hoy es un día de acción de gracias y de súplica. Dar gracias pos su ministerio largo, fecundo y que dejó una profunda huella en la vida de esta Diócesis». En sus palabras recordó los tiempos que le tocó vivir a Don Miguel, «que fueron tiempos no fáciles, no sólo por los cambios sociales, culturales y político de España, sino también al tránsito eclesial que se produjo con el Concilio Vaticano II, y lo hizo bien». También Don Amadeo dijo que hoy era un día para rezar por él, ya que el propio Don Miguel «reconocía la pobreza y la necesidad de que rezáramos por él, por eso, hoy, de un modo especial, elevamos oraciones al Padre por él».
Al finalizar la Eucaristía, los sacerdotes que concelebraron, precedidos por los seminaristas, acudieron, en procesión, hasta la capilla de San Miguel, donde reposan los restos del Obispo Don Miguel, y ante los que Don Amadeo rezó un responso.
Homenaje
La Sacristía acogió un precioso homenaje a la memoria de Monseñor Peinado Peinado.
D. Francisco Juan Martínez Rojas, Vicario General y Deán de la Catedral comenzaba con la presentación de un CD, editado por la Diócesis, que recoge las homilías, escritos y libros que a lo largo de su episcopado escribió Don Miguel. También cuenta con una amplia colección de fotografías de sus años como Obispo en la tierra del Santo Reino. El Deán explicó que con la edición de este CD se pretende hacer un ejercicio de memoria. «Memoria de la palabra, memoria de los escritos y memoria de las imágenes».
Posteriormente, el canónigo, D. Manuel Carmona, fiel colaborador del Obispo Don Miguel, trazó los rasgos más significativos que marcaron el episcopado del Prelado a través de fotografías y de un precioso tributo basado en los «criterios evangélicos de un buen Pastor». Bajo diez premisas, D. Manuel Carmona, esbozó, con anécdotas, recuerdos, y palabras del que fuera Obispo de Jaén, su perfil más humano, pero también el que forjó su labor al frente de la Iglesia diocesana. El canónigo manifestó que la conducta episcopal de Monseñor Peinado Peinado «no respondía ni se derivaba de ninguna estrategia recomendada por la sociología o por lo que popularmente resultase impactante. No, no entenderemos la conducta y el perfil pastoral de Don Miguel sin partir de su verdadera raíz: los criterios, en efecto, que motivaban y decidían su actuación como pastor radicaban en el simple interés o pretensión de imitar en su comportamiento al Jesús de los Evangelios».
Para concluir el acto, Monseñor Rodríguez Magro tomó la palabra para señalar, «que lo mejor de este homenaje, además de poner de relieve la gran figura de este Pastor, es saber que ha dejado una gran huella y por eso veinticinco años después estamos aquí con memoria agradecida». También quiso poner de manifiesto que, a pesar de la distancia física entre su Diócesis de origen y la de Jaén, «yo oí hablar mucho y bien de Monseñor Peinado del que fuera mi Obispo, Don Antonio Montero. De quien siempre dijo, que era un buen Obispo, un buen catequista y una buena persona». En este sentido, y para finalizar su alocución afirmó, «es justo que 25 años después de su muerte lo recordemos y digamos que aquí hubo un buen Obispo,» y felicitó a todos los que habían hecho posible este emotivo homenaje.