En el Miércoles Santo del año 2000 se incorpora a la procesión el palio de María Santísima del Rocío, diseñado por Fray Ricardo de Córdoba y realizado por D. Antonio Villar
En el año 1990, y en torno a la imagen de una Dolorosa, ópera prima del escultor e imaginero Francisco Romero Zafra, un grupo de cofrades decide fundar una Hermandad de Penitencia en la ciudad de Córdoba.
Para ello, entran en contacto con el párroco de la Iglesia de San Miguel, D. Miguel Vacas Gutiérrez (q. e. p. d.), constituyéndose la Asociación Pro-Hermandad bajo la denominación de Hermandad y Cofradía de Nazarenos de Nuestro Padre Jesús del Perdón ante Anás, María Santísima del Rocío y Lágrimas y San Miguel Arcángel.
La imagen de María Santísima del Rocío y Lágrimas fue bendecida el Sábado Santo de 1990, concretamente el 14 de abril de dicho año, celebrándose en el mes de junio los primeros cultos en su honor.
En 1992, tras el fallecimiento de D. Miguel Vacas, la Cofradía traslada su sede al Convento del Buen Pastor de las Madres Filipenses, perteneciente a la feligresía de la parroquia de San Juan y Todos los Santos-Trinidad. En ese mismo año se encarga al escultor Francisco Romero Zafra la imagen de Nuestro Padre Jesús del Perdón, que sería bendecida el 27 de febrero de 1994.
El 13 de mayo de 1995 la Hermandad es erigida canónicamente, estableciendo su sede en la Iglesia de San Roque. Asimismo, se presenta la documentación correspondiente a la Agrupación de Hermandades y Cofradías de Córdoba, siendo el primer Hermano Mayor D. Juan Manuel López Alcaide.
El Miércoles Santo de 1996 tiene lugar la primera Estación de Penitencia con la imagen de Nuestro Padre Jesús del Perdón, contando con una cuadrilla de hermanos costaleros guiada por el actual capataz y hermano D. Luis Miguel Carrión Huertas, conocido como “Curro”.
El 22 de marzo de 1998 es bendecido el nuevo paso de misterio, diseñado y realizado por D. José Carlos Rubio en madera de caoba y plata. En la Estación de Penitencia de ese mismo año se incorporan las dos primeras figuras secundarias del misterio: Anás y el soldado judío que propina la bofetada, talladas conforme al nuevo diseño por el escultor D. Manuel Luque Bonillo.
En el Miércoles Santo del año 2000 se incorpora a la procesión el palio de María Santísima del Rocío, diseñado por Fray Ricardo de Córdoba y realizado por D. Antonio Villar Moreno.
En junio de 2002 asume el cargo de Hermano Mayor D. José Luis Hidalgo Fustegueras, quien continúa al frente de la Hermandad tras su renovación en 2006. En mayo de 2010 es nombrada Hermana Mayor Dña. María del Rosario Revilla Saavedra. Posteriormente, en mayo de 2014, D. Fernando Castro Roldán asume la responsabilidad de Hermano Mayor, período durante el cual el cabildo general de hermanos aprueba el diseño del nuevo paso de palio para María Santísima del Rocío y Lágrimas, de estilo cordobés, con una identidad propia y en consonancia con el entorno del barrio de la Judería, donde se encuentra establecida la Hermandad. En el año 2022 asume el cargo de Hermano Mayor D. Jesús Campos Villalón, durante su mandato se aprueba el traslado a la Parroquia de la Trinidad de sus Sagrados Titulares para el culto público, manteniendo su salida procesional desde la Capilla de San Roque.
La labor social de la Hermandad del Perdón, nombre por el que es conocida popularmente, se desarrolla principalmente en la residencia de mayores “San Juan de la Cruz” de Córdoba, anexa a la Iglesia de San Roque.
Los nazarenos visten túnica de sarga blanca con capa, cíngulo bicolor blanco y negro, cubrerrostro negro y escudo corporativo de la Hermandad situado a la altura del antebrazo izquierdo.
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