La hermandad estaba formada por cofrades que se les exigen virtudes morales y limpieza de sangre, realizando estación de penitencia en la madrugada del Viernes Santo
La Cofradía de Jesús Nazareno y San Bartolomé, título de la Cofradía fundacional, es eregida en en el año 1579 en la ermita de San Bartolomé, actual Iglesia-Hospital de Jesús Nazareno. Aunque la hermandad tenía un carácter penitencial, asume el compromiso de sostener el hospital bajomedieval de San Bartolomé con seis camas para ancianos pobres.
La hermandad estaba formada por cofrades que se les exigen virtudes morales y limpieza de sangre, realizando estación de penitencia en la madrugada del Viernes Santo en la Catedral.
El siglo XVII marcará la etapa de esplendor y apogeo de la Cofradía, con el aumento de número de hermanos y culminará el proceso de aristocratización. Es en este tiempo cuando la Cofradía adopta la estética barroca incorporando al cortejo procesional las imagenes de Ntra. Sra. de la Soledad y San Juan Evangelista, María Magdalena (1627) y la Verónica (1628). En 1700 se realizarán unas lujosas andas en plata para Jesús Nazareno.
El carácter asistencial toma un nuevo impulso gracias a la llegada del padre Cristóbal de Santa Catalina en 1673 y dando comienzo a la Hospitalidad Franciscana de Jesús Nazareno.
A lo largo del siglo XVIII el carácter aristocrático y el movimiento ilustrado que recorre España provoca un notorio descenso del número de hermanos, surgiendo las primeras dificultades que la Cofradía vendrá viviendo desde entonces hasta bien entrado el siglo XX.
La Cofradía permanece sin realizar estación de penitencia a partir de 1793 hasta que en 1850 se vuelve a reorganizar la hermandad, aunque se mantiene el carácter aristocrático. Es en este periodo donde se reforman las Reglas fundacionales, siendo sancionadas por la reina Isabel II en 1857, otorgándole el Título de Real e Ilustre. A partir de 1863 se suspende de nuevo la salida procesional y de manera definitiva en 1911 la cofradía queda inactiva.
En 1938 se intenta de nuevo reorganizar la Cofradía, realizando su estación de penitencia desde San Lorenzo, sufriendo de nuevo un periodo de letargo entre los años 1940 y 1971.
En 1971 se vuelve a reorganizar la Cofradía, siendo aprobados sus nuevos Estatutos en 1972. Su primera salida procesional es en 1973, incorporándose en 1975 María Santísima Nazarena. En 1987 se recupera la estación de penitencia en la Catedral en la Madrugada del Viernes Santo, que se mantiene hasta el año 2001, que pasa a su actual día, en la tarde del Jueves Santo. En 7 de abril de 2013 es beatificado el Padre Cristóbal de Santa Catalina incorporándose como co-Titular de la hermandad.
En la actualidad la Cofradía ya no tiene el carácter aristocrático fundacional, pero sí ha mantenido su carácter penitencial y principalmente asistencial, al estar fuertemente vinculada a la obra de las Hermanas Hospitalarias franciscanas de Jesús Nazareno, con la residencia de ancianos que lleva su nombre, así como la relación directa con el Colegio Diocesano de Jesús Nazareno. La Cofradía está integrada en la pastoral de la Parroquia de San Andrés.
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