
El proceso de rehabilitación se remonta a 2018, cuando se accedió a la convocatoria de subvenciones para la rehabilitación de lugares de culto de la Ciudad Autónoma de Ceuta. En esa ocasión, la Iglesia de San José fue incluida como actuación prioritaria debido a los desprendimientos y el deterioro de sus fachadas. En junio de 2019, la Empresa Municipal de la Vivienda de Ceuta (EMVICESA) resolvió favorablemente la concesión de la ayuda, lo que permitió visado del proyecto en noviembre de ese mismo año y la posterior solicitud de licencia urbanística.
Tas el cierre del Templo en junio de 2021, se realizó la rehabilitación estructural de la cubierta del templo. Una intervención de gran envergadura con un coste total de 425.000 euros, que ha sido sufragada en parte con una subvención nominativa de la Ciudad Autónoma de Ceuta por un importe de 345.000 euros. Junto a la nueva cubierta se han efectuado otros trabajos de mejoras, pavimentación del Templo, nuevo sistema eléctrico e iluminación y mobiliario. Actualmente queda pendiente la firma de un segundo convenio para poder afrontar la totalidad del coste de la obra.
La Diócesis de Cádiz y Ceuta está realizando un importante esfuerzo, con la inestimable ayuda de la Ciudad Autónoma de Ceuta, para restaurar y conservar el patrimonio eclesial septense.