La Sección judicial tiene el encargo de ejercer la potestad judicial formando un único Tribunal con el Obispo, según establece el C.I.C., can. 1420 §2; para así administrar la justicia eclesiástica en la Iglesia particular, que corresponde al Obispo en el ejercicio del munus regendi, mediante el cual desempeña el cuidado pastoral de los fieles y la tutela de sus derechos, y defiende y protege la santidad de los sacramentos y de las cosas santas.
El Obispo de Almería promulgó recientemente el Reglamento de Régimen Interno del Tribunal Eclesiástico de Almería, para que sirva como instrumento para un mejor funcionamiento del Tribunal Eclesiástico diocesano, de lo que se seguirá una mejor diligencia y eficacia en la administración de la justicia. Tras la promulgación del Estatuto de Curia de la Diócesis de Almería y Reglamento para su aplicación mediante Decreto Episcopal 18/2009 (29 de agosto), ahora se aprueba este nuevo instrumento para el bien de los fieles.