La Mezquita-Catedral es una de las primeras catedrales de España en conseguir las certificaciones en Sistemas de Gestión de Calidad y en Sistemas de Gestión Ambiental. Dichas certificaciones han sido concedidas por Oca Certificación, certificadora acreditada por ENAC, con la ayuda José Manuel González Peralta, Director Técnico de Auditoría y Gestión Consultoría de Negocio.
El certificado del Sistema de Gestión de Calidad de Ocacert está basado en la norma internacional ISO 9001. Este certificado acredita que la organización cumple con la legislación que le es de aplicación, que tiene un compromiso de mejora continua, que estandariza sus procesos para asegurar el correcto funcionamiento en la gestión de visitantes, actividades de culto y mantenimiento de las infraestructuras de la Mezquita-Catedral de Córdoba. Igualmente, garantiza el control de los recursos humanos y equipos de manera estandarizada y que se centra en la satisfacción de los visitantes y asistentes a las actividades de culto.
Por su parte, el certificado del Sistema de Gestión Ambiental de Ocacert se basa en la norma internacional ISO 14001, que acredita que la institución cumple con la legislación ambiental aplicable a todas la actividades que se realizan dentro del monumento, que ha implantado un sistema de gestión que se esfuerza en prevenir los impactos ambientales, reducir consumos de agua, electricidad y demás recursos naturales, utilizando los medios necesarios para evitarlos, reducirlos o controlarlos y que los residuos generados en las actividades realizadas dentro del monumento son gestionadas conforme a la legislación vigente.