A mediados del siglo XVIII, se incorpora el colegio de escribanos públicos a la cofradía. La procesión se mantendrá a lo largo de las dos primeras décadas del siglo XIX
La Cofradía del Santo Sepulcro se funda en el antiguo convento de los carmelitas calzados. Las primeras reglas conocidas son aprobadas por el obispo Fray Bernardo de Fresneda el 5 de marzo de 1573. La Cofradía organiza procesión de disciplina el Viernes Santo. En 1648, la cofradía se une a la de Nuestra Señora del Carmen, erigida en el mismo templo. Para esta cofradía, los escultores Pedro Roldán y Francisco Dionisio de Ribas realizaron en 1667 una urna o paso procesional, de la que desconocemos su estructura y ornamentación, por un importe de 5.000 reales.
La cofradía procesiona a la Catedral para hacer estación con los pasos de la Santa Cruz, Cristo yacente y Nuestra Señora de las Penas. El acto penitencial comienza con la realización del Descendimiento de la cruz, la imagen del Señor es bajada de la cruz y posteriormente se coloca en la urna procesional. El paso del cortejo por el convento de Santa Inés congrega a gran cantidad de cordobeses que acuden a escuchar el canto del Miserere por las religiosas.
A mediados del siglo XVIII, se incorpora el colegio de escribanos públicos a la cofradía. La procesión se mantendrá a lo largo de las dos primeras décadas del siglo XIX, salvo en los años de la exclaustración de los carmelitas calzados por orden del gobierno de José I en 1810. La invasión francesa supone una importante pérdida de patrimonio para la cofradía. Con el regreso de los frailes la situación se volverá a normalizar.
El Obispo Trevilla dicta en 1820 un reglamento por el quedan reducidas las procesiones de Semana Santa a una sola procesión en la tarde del Viernes Santo con salida de la iglesia de El Salvador, siguiendo un itinerario fijo con estación en la Catedral. Desde 1821 el Ayuntamiento queda encargado de la organización y gastos de la procesión del Viernes Santo, aunque en realidad no se organiza hasta 1849. El Ayuntamiento de la ciudad dona en 1874 la urna tallada en madera de palosanto por Rafael Juliá Villaplana con relieves y adornos de plata del taller de Antonio Castejón, utilizada hasta la salida procesional de 2006.
Tras la exclaustración de los carmelitas del convento de Puerta Nueva, los escribanos públicos trasladan las imágenes a la iglesia de la Compañía en 1836. Los escribanos continúan dando culto a las imágenes del Yacente y de la Imamacualda, titular de la hermandad de Nuestra Señora de la Concepción fundada en 1397, y colocan posteriormente a ambas imágenes en el mismo altar donde hoy se encuentran. El colegio de escribanos acompaña corporativamente el paso del Sepulcro en la procesión oficial del Santo Entierro hasta 1862, año en el que surgen un conflicto con el clero por cuestiones de protocolo. A partir de 1864 el Santo Sepulcro irá acompañado de su ilustre hermandad en la procesión oficial del Viernes Santo.
En 1908 se inicia una nueva reorganización, en la que juega un importante papel la condesa viuda de Cárdenas que costea unas nuevas andas para la urna. El conde de Torres Cabrera el cargo de hermano mayor y preside la cofradía el siguiente año. Sin embargo, la cofradía no llega a consolidarse en la siguiente década.
La reorganización de la cofradía se inicia en 1933. Cuatro años después los hermanos vuelven a salir con cantos capitulares de raso negro, sin capirote. Continua una etapa de altibajos que conducen a disolución en marzo de 1973 y a su inmediata reorganización en septiembre del mismo año. Desde entonces varios hitos marcan su historia reciente: la bendición de la imagen de Ntra. Señora del Desconsuelo, obra de Luis Álvare Duarte (1977); la incorporación de la advocación de la Inmaculada Concepción (1985); la vuelta a realizar estación en la Catedral para adorar el Lignum Crucis (1986); la primera salida del paso de palio de la Virgen acompañada por las imágenes de San Juan Evangelista y María Magdalena (1995), la salida procesional de la Inmaculada Concepción al Catedral para presidir el triduo del 150 aniversario de la proclamación del Dogma concepcionista, la recuperación del ceremonial del Descendimiento (2006), dentro del vía crucis que se celebra el Domingo de Pasión; el estreno del nuevo paso procesional del Señor del Santo Sepulcro (2007); y en 2023-2024, la celebración de año jubilar, concedido la cofradía por la Santa Sede, con motivo del 450 aniversario la aprobación de sus primeras reglas conocidas de 1573.
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